有機肥效果不佳的原因有很多，主要有兩大類，一類是肥料本身的原因，一類是使用方法的原因。 一、肥料本身的原因 1、養分 由于原材料本身養分低或發酵生產工藝原因，有些企業的有機肥發酵出來，其養分并不合格，加上有些廠連化驗室都沒有，一批批不合格產品就這樣進入了市場。 2、pH值 在發酵過程中，pH變化較大，如果發酵過程控制不好，有可能發酵出來會發現pH在8.5以上，或5.5以下。特別是過酸的產品會導致農作物生長受阻或死亡。

生物菌肥料的優點： 固氮、解磷、解鉀功能 能夠部分利用空氣中的氮，通過有益菌生長代謝產生相應的酶和酸，可對土壤中難溶性的磷、鉀肥(土壤中難溶性磷肥占95%，難溶性鉀占98%)進行分解，從而成為植物所能吸收的磷鉀肥。因此能夠大大提高作物對肥料的利用率，從而減少肥料的施用。 提高作物品質。 解磷、解鉀的同時，能夠促使土壤中微量元素的釋放，被作物所利用，同時有益菌代謝產生多種植物所需的物質，如小分子氨基酸、生長刺激物質、維生素等。

廄肥、堆肥、漚肥等，堆漚肥是以秸稈、雜草、樹葉、泥炭、垃圾以及農村廢棄物為主要材料，加入適量的人畜糞尿而漚制成的有機肥，堆漚肥中的有機質在厭氧前提下分解，養分不易揮發，且形成的養分多被土壤吸附，不易流失，肥效長而穩，沼氣肥，在密封的沼氣池中，有機物腐解產生沼氣后的副產物，包括沼氣液和殘渣，是以畜禽糞便、動植物殘體、糊口垃圾等富含有機質的固體廢棄物為主要原料，并添加一定量的其他輔料和發酵菌劑，通過工廠化方式加工出產而成的肥料。