生物菌肥最怕殺菌劑，而不少菜農為防蔬菜根部病害常用殺菌劑灌根，這無疑使剛剛在土壤中定居的生物菌遭受滅頂之災。另外，大量地沖施化肥對土壤中生物菌的傷害也很大。因此，對于施用生物菌肥的大棚地，應盡量避免使用殺菌劑灌根，少施大量元素水溶肥等化學肥料。
化肥中不含有機質、腐殖質，因此大量使用化肥，土壤由于有機質和腐殖質的缺乏，土壤團粒結構遭到破壞，造成土壤板結，農植物產量下降。 化肥利用率低，氮肥因為易揮發、流失，利用率只有30%-50%，磷肥的利用率才10%-25%，因為磷酸根化學活性活潑，施入土壤后大部分磷與土壤中的Zn2+、Mg2+、Ca2+、Fe3+、Al3+等陽離子結合形成難溶性磷肥。鉀的利用率也只有50%左右。
生物菌肥料的優點： (1)通過有益菌的大量繁殖，大量有益菌在植物的根系周圍形成了優勢種群，抑制了其他有害菌的生命活動。 (2)快速分解土壤有機物質，促進土壤團粒的形成，且通過有益菌的活動能夠疏松土壤，土壤的保肥、供肥、保水、供水及透氣性都得到很好的調節。 (3)分解土壤中的農藥殘留，避免殘留農藥對下季作物產生藥害。還對植物生長過程通過根系排放的有害物質進行分解。
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