建議連續用藥時間較長為2年，以后改用其它避孕方法，并觀察精子計數恢復的情況，若希望重復用藥者，必須等待精子計數恢復正常后再用，棉酚是毒性物質，可造成人體紅腫出血、食欲不振、神經失常、體重減輕、影響生育力，食用含棉酚較多的毛棉油會引起中毒，患者皮膚有劇烈的灼燒感，并伴有頭暈、氣喘、心慌和無力等癥狀，在該過程中，棉酚分子的醛基與蛋白質的氨基縮合生成“結合棉酚”，但蛋白質的營養價值在該過程中亦大大降低。

棉酚能抑制細胞能量代謝，通過乳酸脫氫酶（LDH）同源酶Ⅴ型抑制線粒體氧化鱗酸化和電子傳遞[8]，艾氏腹水瘤細胞系的能量代謝顯示，高濃度的棉酚抑制氧消耗和ATPase的活性，減少糖酵解，誘導NAD+和細胞色素b的氧化狀態，抑制細胞能量代謝，導致細胞死亡，艾氏腹水瘤細胞和肉瘤S-180細胞中加入棉酚，發現ATP/Pi及PCr/ATP均下降，表明棉酚有阻斷細胞能量代謝作用，Hutchinson提出棉酚可引起磷酸單脂、雙脂水平下降及輔酶Ⅰ、Ⅱ上升，抑制細胞能量代謝。

超微結構研究表明，棉酚引起線粒體腫脹，嵴斷裂、固縮、嚴重空泡化及潰破等，線粒體是細胞呼吸、能量供應和氧化、磷酸化的重要細胞器，線粒體損傷導致細胞死亡，此外還有一些棉酚的抗腫瘤機制，如某些對烷化劑耐藥的腫瘤細胞系，其機制是因為增加了谷胱甘肽S-轉移酶活性，從而加速藥物滅活，抑制谷胱甘肽氧化還原系統的某些酶可影響細胞對烷化劑的敏感性，棉酚對谷胱甘肽轉移酶及其pi同功酶表現強有力的抑制，與烷化劑合用，可增加其抗癌功能。