當易碎生物或物料的交叉污染會危及產品降雨或人身安全時，還應采取安全可靠的技術措施防止交叉污染，如嚴格控制不同選定GMP車間凈化之間的靜壓差，合理劃分凈化空調系統，按要求合理設計回風系統等。GMP車間凈化的設計是各種專業設計技術的綜合，尤其是GMP車間凈化的工藝設計、潔凈建筑設計、空氣凈化設計以及各種有特殊要求的設計技術的綜合設計，緊密配合，相互滲透，合理安排。GMP車間凈化工程設計應符合工藝(或使用)流程。

凈化工程中的環境應保持一定的濕度。比如中國北方，由于冬季天氣干燥，靜電導致的事故或故障比沿海地區高。因此，在一些凈化工程中要考慮濕度要求，如機房、實驗室、化工車間、制藥車間等。應特別注意封閉的空調房。在這些凈化項目中更要注意濕度，一般要增加控制濕度的凈化設備。還可以要求技術工人在操作時佩戴防靜電手套，也可以有效防止靜電的產生。將一些導體或半導體器件放入各種抗靜電塑料制成的抗靜電器皿中，可以有效防止靜電的產生。如果條件允許，也可以將設備放入金屬器皿中。

一般情況下，內門通常只沿門縫設置一圈密封條，一條密封線就夠了。而材料人群的外門和潔凈車間的生產區直接通向外門。為了可靠地防止室外空氣對人的侵害，除了氣閘和雙扇門，而且建筑和風機的截面比一般內門大得多，通常用兩條密封條形成兩道密封線。為了使密封條滿足截面小、受力后壓縮量大的要求，并與受壓構件有足夠的接觸和良好的密封條件，通常制成不同種類的橡膠空心薄壁異型管；而且大部分都是成型品。有多種截面形式，嵌入位置和方式不同。