清理化糞池中也有很多注意事項。化糞池沒有那么臟，有些有毒氣體會長期積累。很多保潔人員都不把這些當回事。清理時操作不規范，沒有防毒面具就往下沖，容易造成人員傷亡。有時候，雖然在地下管道疏通中采取了積極的措施，但還是存在一些不安全的因素不能排除。按規定穿戴各種防護用品，可以避免這些危險因素對人的傷害。在操作中，主要是要正確佩戴防毒面具，防止中毒。如前所述，一旦疏通下水管道，管道內積聚的硫化氫、甲烷、一氧化碳等有毒氣體會突然沖出井口。此時有毒氣體濃度很高，需要佩戴長管口罩、氧氣呼吸器等隔離式防毒面具。特別是當發現工人中毒時，救援人員在救人前要戴上隔離防毒面具。

化糞池清理通過旋轉將具有彎曲彈性的鋼絲轉到堵塞的下水管中，帶出堵塞物的布條和毛發。還有一種工具叫一槍，是一種氣動疏通工具，利用高壓的原理來沖洗堵塞的下水管道。在清理化糞池的過程中，由于各種不確定因素的干擾，有時會出現一些意想不到的情況；為了避免這些問題，工作人員有必要提前做好預防措施，工作時要靈活機動，才能順利完成化糞池清理工作。清理化糞池需要注意的問題如下:用鐵鉤打開化糞池蓋板，然后用長竹竿(8m)將化糞池內的雜物結塊層攪起。

化糞池分為磚砌化糞池和玻璃鋼化糞池。污泥將按期清理外運、掩埋或用作肥料。污水進入化糞池沉淀12 ~ 24小時后，可去除50%~60%的懸浮物。生活污水中含有大量的糞便、紙屑和致病昆蟲。懸浮物濃度為100~350mg/L，有機物BOD5濃度約為100~400mg/L，其中懸浮有機物BOD5濃度為50 ~ 200 mg/L，沉降污泥經過3個多月的厭氧消化，污泥中的有機物分解為非混沌的無機物，易腐的原污泥轉化為非混沌的熟污泥，改變了污泥的結構，降低了污泥和沉積物的含水量。